Program Studi Magister Teknik Industri merupakan pengembangan dari Jurusan Teknik Industri untuk level strata 2 (S2). Didirikan tahun 2004 berdasarkan surat ijin penyelenggaraan program studi No.4183/D/T/2004. Tahun 2006 mulai menerima mahasiswa baru. Tujuh tahun kemudian MTI-ITATS terakreditasi BAN PT dengan score 231 (C). Tahun 2017 MTI-ITATS mengajukan kembali akreditasi dan mendapatkan nilai peringkat B berdasarkan surat keputusan nomor 2548/SK/BAN-PT/Akred/M/VIII/2017. Kemudian tahun 2022 melakukan reakreditasi LAM-Teknik dan mendapatkan peringkat Baik Sekali dengan score 332. Prodi MTI-ITATS berada dibawah pengelolaan Fakultas Teknologi Industri atau yang lebih dikenal sebagai UPPS (Unit Pengelola Program Studi). Lulusan MTI-ITATS mendapat gelar Magister Teknik (MT) dengan masa studi dirancang 2 tahun (4 semester).